Заповедник учрежден в 1997 г. дан для охраны малонарушенных полупустынных сообществ и уникального — одного из крупнейших в России бессточного соленого озера Баскунчак. Охраняется также гора Большое Богдо (149,6 м н.у.м.), являющаяся одним из крайних южных вершин Урала. Участок «Зеленый сад» охраняет полукультурный оазис лесной растительности в полупустынях Прикаспия. Здесь проходит важный миграционный путь птиц с севера Сибири на зимовки. Территория заповедника богата редкими видами растений и животных, включая виды, нигде более в нашей стране не встречающиеся. В районе расположения заповедника широко развит карст, известно более 10 пещер.

Флора Богдинско-Баскунчакского заповедника насчитывает около 500 видов растений, ряд из которых занесены в Красные книги России и Астраханской области.

Интересна и разнообразна фауна амфибий и рептилий заповедника. В заповеднике их встречается 13 видов.

Фауна птиц насчитывает 225 видов. Территория заповедника с его разнообразными местообитаниями привлекает большое число птиц не только степного и пустынного, но и древесно-кустарникового, водного и околоводного комплексов. В фауне заповедника 30 птиц, занесенных в Красную книгу Астраханской области, 22 вида занесены в Красную книгу России, из которых 9- в Красную книгу МСОП.

Фауна млекопитающих заповедника насчитывает 47 видов. На территории заповедника встречается единственный вид млекопитающих, занесенных в Красную книгу России, — перевязка, небольшой хищный зверек, распространенный в южных регионах России.

Для заповедника характерно большое количество грызунов: желтый суслик, тушканчики, хомяки, песчанки, полевки и слепушонки. Обилие балок и воронок — идеальные условия для обитания лисицы, корсака и волка.

Ранее территория, прилегающая к озеру Баскунчак, являлась местом обитания сайгака. Она находится в пределах миграционных путей этой степной антилопы.